События разворачиваются в 2015 году в Токио-3. Пятнадцать лет назад произошёл Второй удар: Антарктида растаяла, Земля пережила грандиозную катастрофу, и выжившая часть человечества мучительно восстанавливалась после погибели и разрушений. Теперь на планету вновь обрушиваются Ангелы — загадочные существа, против которых может оказаться бесполезной любая обычная сила. Единственный шанс удержать мир от полного коллапса дают гигантские боевые модули, создаваемые на стыке биотехнологий и инженерии — Евангелионы.
14-летний Синдзи Икари внезапно оказывается в эпицентре событий, когда собирается домой к отцу, руководителю загадочной организации NERV. Но город в этот момент подвергается нападению Ангела, и вместе с капитаном Мисато Кацураги он добирается до подземной базы. Там парень осознаёт, что он хочет сказать отцу — как сильно ненавидит его. Вскоре выясняется, что это не просто разговор: Синдзи должен влазить в управляемого робота и вступать в битву с врагом. Так начинается путь, на котором человек сталкивается не только с внешней угрозой, но и с собственными сомнениями и страхами.
В сериале множество значащих имен и названий. Многие из них имеют отношение к военной тематике, в первую очередь — к истории Второй мировой войны.
Оригинальное название сериала «Shin Seiki Evangerion» составлено из двух частей: японского «Shin Seiki» (новая эра/век) и древнегреческого «Evangerion» (евангелие, добрый вестник, добрая весть — этимологически никак не связанного с именем Ева, происходящим из иврита).
Хидэаки Анно неоднократно давал понять, что сериал — выражение его личных проблем как в творчестве, так и в семейных отношениях.
Несогласный с концовкой сериала Ёсиюки Садамото опубликовал мангу, в которой предложил другую интерпретацию событий.
Так как во время переговоров с японскими правообладателями «Евангелиона» Netflix не удалось приобрести международную лицензию на несколько композиций, версия сериала на стриминговом сервисе отличается от оригинальной: различные варианты песни «Fly Me to the Moon», которые звучали в конце каждого эпизода «Евангелиона» были заменены на «Hostility Restrained» (музыкальную тему героини Рэй Аянами).