В начале учебной истории Харухи Судзумия прямо заявляет, что её не привлекают обычные школьники. Она предпочитает общаться только с теми, кто выходит за пределы обычного — пришельцами, путешественниками во времени и носителями паранормальных способностей. Можно ли всерьёз воспринимать её слова? Безусловно да. Встреча с этой мыслью бросает зрителя в мир, где каждая мелочь может таить необычную тайну. Харухи — одна из самых эксцентричных героинь в аниме, вокруг неё вращается собственная «Команда SOS» — группа единомышленников, существование которой почти полностью держится на её капризах и ярко выраженных видениях. В фильме 2006 года мы видим, как её амбициозные замыслы продвигают сюжет вперёд, превращая обычную школу в арену необъяснимых феноменов и странных происшествий. В центре истории — энергия ожидания и тонкая апокалиптическая тревога, которую Харухи вызывает своей неугомонной волей к переменам и поиску смысла, который не поддаётся общепринятому восприятию.
Серии умышленно пускали в эфир не по порядку. Что было показано как первая серия, в действительности было одиннадцатой серией. В конце каждой серии Харухи (её озвучивала Ая Хирано ) называла хронологически правильный номер следующей серии, а персонаж, говоривший голосом Томокадзу Сугиты, её «поправлял», называя «неверный» номер серии (тот, который шёл в порядке выхода серии в эфир). Когда в 2009 году были сняты новые серии, показ всего сериала начали заново, на этот раз уже в хронологическом порядке.
Учебное заведение списано со школы, которую посещал сценарист Нагару Танигава. После выхода сериала в эфир в школу стали стекаться толпы поклонников, и администрации пришлось даже прибегнуть к угрозам судебного преследования слишком горячих любителей франшизы.