История о шестом подразделении рассказывает, как в Афганистане они не сумели догнать и окончательно устранить одного из лидеров Талибана, развязав непростую цепь последствий. Во время рискованной вылазки бойцы наткнулись на американца, который оказался на стороне террористов — встреча оказалась судьбоносной и породила кризис доверия внутри отряда. Руководивший группой командир Ричард Таггарт принял решение уйти в отставку. Перенесшись в современные события, команда под руководством Джо Грейвза узнаёт: в одном африканском селении боевики захватили студентов нигерийской школы. Но ещё более тревожным становится факт: в заложниках оказался и их бывший командир Таггарт, который, разобравшись с прошлым, стал наёмником частной военной компании. Если враги узнают его прошлое, Ричарду угрожает жестокое наказание. Шестой отряд берётся за новое, невероятно сложное спасательное задание — вывести заложников, вернуть на службу бывшего командира и уладить давние трения. Однако противники не дремлют: старые враги из Афганистана уже распознают «морского котика» и стремятся преследовать его снова.
Дом Ортисов во втором сезоне снимали в мотеле «2400 Motel» в Ванкувере (провинция Британская Колумбия, Канада). В этом мотеле составлялись планы нападений на международный аэропорт Лос-Анджелеса и Сиэтл во время празднования наступления 2000 года. Там же было собрано несколько самодельных взрывных устройств, но при попытке ввоза на территорию США они были перехвачены.