В обновлённой истории о загадках и таинственных феноменах два veterана ФБР снова выходят на улицы города, чтобы объединить усилия в расследовании, которое кажется невозможным. Агенты Фокс Малдер и Дана Скалли сталкиваются с серией странных событий, выходящих за пределы обычной науки: таинственные исчезновения, необычные энергетические аномалии, необъяснимые свидетельства и источники, свидетельствующие об инопланетной или иной сверхъестественной природе явлений. Неожиданные улики приводят их к скрытым лабораториям, к чьим-то экспериментам, к конспирологическим теориям и к людям, чьи личности и память распадаются под давлением загадочной правды. В ходе расследования герои вынуждены сталкиваться с моральными дилеммами, сомневаться в лояльности институтов и пересматривать собственные убеждения относительно природы реальности. Атмосфера остаётся мрачной и напряжённой: камерное взаимодействие, запутанные допросы, неожиданные повороты сюжета и усиленная эмоциональная динамика между Малдером и Скалли, которые всё ещё ищут мост между верой и доказательствами.
Перед выпуском сезона Крис Картер изменил первоначальный порядок его серий. Так вторая стала четвертой, четвертая пятой, а пятую показали сразу после премьеры, вместо второй. По словам Картера, это было сделано для лучшего восприятия сериала зрителями.
Для актера Дэвида Духовны запуск сериала ознаменовался еще одним значимым событием. 25 января 2016 года, на следующий день после старта шоу на канале FOX, была заложена его именная звезда на Голливудской «Аллее славы».
В канун выхода сериала американское Центральное разведывательное управление рассекретило сотни документов – расследований 1978 года о неопознанных летающих объектах (НЛО). Документы относятся в основном к периоду с 1940 по 1950 годы. Пресс-секретарь управления так прокомментировал это событие: «Документы заинтересуют как скептиков, так и глубоко верящих в существование внеземного разума», – и добавил: «Истина где-то рядом». В то же время Twitter ЦРУ опубликовал сообщение: «Загляни в наши секретные материалы: 5 документов для Малдера и 5 – для Скалли», на что официальный Twitter телешоу поблагодарил ЦРУ за помощь.