Вторая часть саги переносит зрителя в эпоху Смутного времени, когда судьба великого государства висит на волоске и любая случайность может изменить ход истории. Это продолжение линий любви, общенациональной истории и династии Годуновых, где личные чувства переплетаются с политическими заботами страны. Борис Годунов, первый избранный на Руси царь, обещал процветание и усиление государства, стремился к стабильности и силе владений. Но голод, эпидемии и несчастья не позволяют надеждам воплотиться в реальность. Утратив уверенность в собственных силах, он допускает фатальные ошибки, не всегда различая близких и врагов, друзей и враждебных сил. В воздухе висят тревога и предчувствие перемен, нарастает волна переворотов и больших потрясений. Власть идёт на спад, разворачиваются жестокие политические игры, поднимается волна самозванств, народ тянется к выступлениям и восстаниям. Этот период становится испытанием для страны и для рода Годуновых, определяя дальнейшую траекторию истории и судьбы российского государства.