Джин Родденберри не считал анимационный сериал Звёздный путь каноническим, в отличие от телевизионных сериалов. Дело в том, что телесериалы он снимал ради денег, так что ни за что не позволил бы авторам сценария использовать в сюжетах мультсериала некоторые идеи, знай он наверняка, что со временём вернётся к съёмкам телевизионного сериала. Необходимо отметить, что некоторые авторы сценариев сериала Звездный путь: Энтерпрайз (2001-2005) не согласились с Родденберри. В короткометражном документальном фильме У последней черты (2006) они утверждают, что мультсериал является полноправным и полноценным продолжением сериала Звёздный путь, и что именно таковым они его и считают. В документальном фильме рассказано, как элементы вселенной анимационного сериала Звёздного пути были включены в Звёздный путь: Энтерпрайз, который является приквелом к Звёздному пути.

Из соображений экономии Звёздный путь должен был сниматься без участия Джорджа Такей, Уолтера Кенига и Нишелль Николс. Узнав об этом, Леонард Нимой наотрез отказался участвовать в проекте без своих друзей. Чтобы не лишиться самого популярного персонажа, руководство Filmation Associates cогласилось подписать контракты с Такеи и Николс. Кениг остался за бортом, однако написал сценарий для эпизода Бесконечный вулканец, премьера которого состоялась 20 октября 1973 года.

Уолтер Кениг, автор сценария эпизода Бесконечный вулканец (1973) в анимационном сериале, стал первым актёром франшизы, написавшим сценарий к одной из серий. Впоследствии многие задействованные в каком-либо проекте франшизы актёры будут писать сценарии, романы и комиксы, действие которых разворачивается во вселенной Звёздного пути. Ещё больше актёров со временем станут режиссёрами различных эпизодов и фильмов.

Многие отказываются признавать этот мультсериал частью общей франшизы, хотя в нём есть серии, являющиеся прямым продолжением эпизодов популярного сериала Звёздный путь. Например, контрабандист Мадд из эпизодов Женщины Мадда (1996) и Я, Мадд (1967) Звёздного пути появляется в Страсти Мадда (1973) мультсериала Звёздного пути. Место действия эпизода Однажды на планете (1973) мультсериала Звёздного пути взято из серии Увольнение на берег (1966) телесериала. Сюжет эпизода Проблема с трибблами (1967) телесериала продолжают события, о которых в мультсериале рассказано в серии Больше трибблов — больше проблем (1973). Кстати, в этом эпизоде мультсериала использован сюжет, изначально предложенный для одной из серий третьего сезона Звёздного пути, но отвергнутый. (Поначалу в Звёздном пути планировался и третий эпизод, где действует Мадд.) Эта традиция продолжать сюжетные линии прежних эпизодов привела к появлению полнометражного фильма Звёздный путь 2: Гнев Хана (1982). Фильм стал продолжением эпизода Космическое семя (1967) Звёздного пути. Та же самая традиция привела к включению трибблов в многочисленные эпизоды сериалов и фильмы франшизы. Второе имя капитана Джеймса Кирка — Тиберий — это ещё одна идея, не использованная в Звёздном пути. Это имя упоминается в эпизоде Бем (1974) анимационного сериала Звёздного пути, а затем в полнометражном фильме 1991 года Звёздный путь 6: Неоткрытая страна.

Когда стартовал показ анимационного сериала Звёздного пути (это произошло 8 сентября 1973 года), в Южной Калифорнии был показан не тот эпизод, который увидела остальная страна. В этом штате первой показали серию Год прошедший, тогда как везде в США первой шла серия За самой далёкой звездой. Дело в том, что исполнявший роль Сулу актёр Джордж Такей баллотировался на выборную должность. Телестанции Южной Каролины решили, что если пустить в эфир эпизод За самой далёкой звездой, где играет Такеи, Федеральная комиссия по связи США потребует от них предоставить политическим соперникам Такей такое же эфирное время в рамках честной конкуренции. Поэтому телестанции сначала выпустили в эфир второй эпизод анимационного сериала, в котором персонаж Такеи не появлялся.