По словам жены фермера, аббревиатура N.I.M.H. означает Национальный институт душевного здоровья.
В фильме использовано 1078 фонов.
В фильме использовано свыше 600 цветов. 26 цветов использовано только в образе мистера Эйджеса.
Имя главной героини поменяли с миссис Фрисби на миссис Брисби, чтобы избежать судебных разбирательств с производителями фрисби. К сожалению, сделано это было уже на поздних стадиях съёмок, и из-за того, что переписывать все реплики с именем персонажа не представлялось возможным, замену Фрисби на Брисби провели два редактора звука.
Сцена битвы на мечах между Джастином и Дженнером скопирована в основном со схватки между героями Эррола Флинна (1909-1959) и Бэзила Рэтбоуна (1892-1967) в фильме Майкла Кёртица « Приключения Робина Гуда » (1938). Некоторые её элементы скопированы со сцен боёв в фильме Ричарда Флайшера « Викинги » (1958).
На момент выхода Секрет Н.И.М.Х. был самым крупным не-диснеевским анимационным проектом.
Ради этого проекта из компании Disney ушли аниматоры Дон Блут, Джон Померой и Гари Голдман. Решение они приняли после того, как там отвергли этот проект как «чересчур мрачный», чтобы стать коммерчески успешным. Вскоре вслед за ними уволились ещё 20 аниматоров. В отраслевой прессе всех их назвали «перебежчиками от Диснея».
Вначале на производство фильма выделили 6,5 миллионов, однако уже в процессе производства бюджет урезали. Гари Голдман и продюсеры картины позакладывали собственные дома, чтобы собрать необходимые 700 000, которых не хватало. Так или иначе, бюджет фильма составил менее 7 миллионов, т.е. приблизительно половину того, что на каждый анимационный фильм уходило у компании Disney.