Мегамозг — один из самых умных и при этом наиболее неудачных злодеев, когда-либо появлявшихся на экране Городской столицы. Годами он строит хитроумные планы, чтобы подчинить Метро-Сити и принести свои очередные победы над добром, используя разнообразные трюки и уловки. Но все его попытки постоянно рушатся под давлением доблестного защитника — героя по имени Метро-Мэн, чья мощь и находчивость перехватывают любой его замысел. Так и случается, что злодей сначала практически лишает жизни Метро-Мэна, а затем внезапно оказывается лишён смысла существования без своего могущественного противника. Суперзлодей теряет цель и направление, его мир становится пустым и серым.
Тогда он выходит на радикально новый путь — создает собственного героя, которого называет Титаном. Но этот новый персонаж вскоре убеждается: быть злодеем намного интереснее, чем править миром. Правда, ему совсем не хочется держать мир под контролем — он стремится его уничтожить. Мегамозгу приходится делать трудный выбор: каким путём идти дальше — кем стать: злодеем, который может вернуть себе власть, или же тем, кто сможет спасти человечество от самого себя. В итоге перед ним встаёт вопрос, сумеет ли он превратиться из гения зла в героя и спасителя для всего города.
На ранних этапах производства лента носила название «Master Mind». Но позже, ввиду разногласий с компанией Marvel, которая уже зарегистрировала подобное словосочетание как товарный знак, название фильма пришлось сменить.
«Мегамозг» стал первой картиной DreamWorks, сделанной в формате HDR (High Dynamic Range).
В сцене дождя участвовали 700 000 смоделированных по всем законам физики капелек воды.