Первоначально, сериал должен был состоять из 65 серий.

Когда кол-во серий составило 70, Фокс решили поставить в истории Людей Икс точку. Однако позже, Сабан самостоятельно выпускают ещё один сезон, не имея при этом спонсорской поддержки Marvel и Graz intertainment. Это объясняет, почему последние 6 серий настолько сильно отличаются от предыдущих 70-ти.

В комиксе (X-Men (v1) #14.) Стражи были примерно одного роста с людьми. В последующих выпусках, как и в мультсериале, Стражи стали демонстрироваться гигантами.

В комиксе, дуэль Каллисто и Шторм проходила на ножах. В мультсериале, она велась при помощи жезлов.

Серии, шедшие после премьеры “Саги о Фениксе” (The Phoenix saga”), транслировались в б-ве случаев не по порядку. Поскольку ряд серий был создан на разных анимационных студиях, сценаристы решили отказаться от линейного повествования, как это было в сезонах 1-2, и стараться обходиться “самостоятельными” историями. Тем не менее, они не смогли избежать путаницы, выпустив серии 5.05 «Longshot» и 5.04 «No Mutant is an Island» лишь через 2 года, после того, как они должны были транслироваться.