Ниннинджеры получают приглашение в Страну Чудес Ниндзя, где они могут повстречать легендарных ниндзя — Хаттори Ханзо, Фуму Котаро и Сарутоби Саске. Однако они оказываются на борту Ёкай Экспресса. Cпасает их лишь команда, некогда воевавшая с тьмой — Токкюджеры. Они открывают тайну: Страна Чудес Ниндзя есть Темная Страна Ниндзя. Слуга Теневой Линии, Темный Доктор Мабуро, создал клонов легендарных ниндзя, чтобы заманить сюда Ниннинджеров. Такахару становится Темным Красным Ниндзя, после чего исчезает. И только оставшиеся Ниннинджеры с помощью Токкюджеров могут вернуть его и спасти мир от тьмы.