В центре сюжета фильма Три тысячи лет желаний — британская лингвистка Алетея, которая прилетает из Лондона в Стамбул, чтобы прочитать курс лекций о силе нарратива. Уже на первых минутах её пути она сталкивается с загадочными существами, а в одной из лавочек с сувенирами покупает стеклянную бутылку и аккуратно моет её — из неё неожиданно появляется настоящий джинн. Алетея не спешит загадывать три желания: ей любопытнее выслушать историю, которую он готов поведать. Джинн начинает свой рассказ, проводя её через века и культурные пласты, демонстрируя цену желания и силу повествования, которое может изменить судьбу. Фильм исследует связь между мечтой и реальностью, размышляет о том, как сказочные образы находят отражение в жизни обычных людей, и поднимает вопросы ответственности за свои стремления. По мере того как джинн ведёт рассказ, Алетея всё глубже погружается в мир легенд, и её отношение к собственным желаниям начинает меняться. В конце она понимает, что выбор остаётся за ней, а услышанная история заставляет её взглянуть по-новому на свободу и цену мгновений.