Переписанная версия фильма Супермен II: Режиссерская версия (2006) показывает историю с новой стороны: герой пытается защитить людей и в то же время подумать о личном счастье, готовясь начать семейную жизнь с Лоис Лейн. Однако на Землю приближается угроза, связанная с возвращением трех преступников-криптонцев, которых он когда‑то отпустил на свободу. Эти могущественные противники поднимают волну хаоса, разрушают города и ставят под угрозу весь мир, заставляя Супермена вновь встать перед выбором между личной гармонией и ответственностью перед окружающими. В режиссёрской версии добавлено несколько сцен, расширяющих мотивы персонажей и мотивирующих их поступки, что позволяет глубже понять цену силы и смелости. Новые эпизоды усиливают драматическую напряженность и выводят на передний план тему самопожертвования: можно ли сохранить любовь и мир, если приходится расплатиться собственной идентичностью и верой в то, что праведная миссия стоит любых потерь. В итоге зритель получает более сложную и многогранную историю о герое, который должен выбрать между счастьем и спасением миллионов.
Значительную часть новых сцен в этой версии сняли в процессе работы над фильмом « Супермен » ( Ричард Доннер, 1978). Ричард Лестер снял всё это из-за правил Гильдии режиссёров Америки, по которым от него требовалось стать режиссёром как минимум половины экранного времени фильма, чтобы его фамилия появилась в титрах. Единственным исключением стала сцена, в которой Лоис узнаёт, кто такой Кларк, случайно в него выстрелив. В процессе работы над фильмом Доннер так и не снял эту сцену. В этой версии используется кинопроба с участием Кристофера Рива и Марго Киддер.
В конце фильма показана Лоис Лейн, печатающая на машинке. В этом эпизоде сыграла уже не Марго Киддер (1948-2018). Такая концовка предусматривалась, но её не сняли, чтобы избежать путаницы с сюжетной линией, где Лоис гибнет в Крепости Одиночества, после чего Супермен поворачивает время вспять. Эту сцену сняли специально для версии 2006 года. Фамилия сыгравшей в ней актрисы в титрах не указана.