Фрэнки Пейдж ведёт тихую, распорядочную жизнь, где каждый день идёт по накатанному маршруту — работа с клиентами, обычные дела и полная свобода от тревог. В её мир не влезают религиозные вопросы или хвосты мистики. Но всё меняется, когда на её теле неожиданно появляются раны, напоминающие раны распятого Христа — стигматы. Этот таинственный феномен привлекает внимание людей в чёрной рясе и мирских властей: вскоре к Фрэнки приходит загадочный священник, отец Эндрю Киeрinan, назначенный Ватиканом для расследования. Одновременно коридоры церкви и тёмные уголки коррупции заполняются другим персонажем — кардиналом Хаусманом, который видит волею судьбы угрозу устоям и стремится уничтожить любой признак опасного пророчества. Он готов пойти на всё, чтобы Фрэнки не стала носителем предупреждения миру.
Керинан принимает на себя рискованное дело: сохранить девушку, понять послание за знаками и не допустить разрушения базовых принципов веры. Его цель выходит за рамки личной защиты — он стремится расшифровать пророчество, которое может поколебать основы Римско-католической церкви и изменить будущее человечества. Путь к истине полон опасностей: чем глубже он копает, тем сильнее противостояние сил света и тьмы, тем выше риск для жизни Фрэнки и для всего мира.
Фраза «Разруби дерево, я — там; подними камень, и ты найдёшь меня там» взята из «Евангелия от Фомы» (стих 81), одного из новозаветных апокрифов. Считаётся, что в нём записаны слова, который Иисус говорил ученикам. В действительности, однако, текст написан на коптском языке, а не на арамейском, как утверждается в фильме.
Патриша Аркетт и Ниа Лонг — единственные в сцене в подземке, кто не был каскадёром.
В финальной сцене в саду на заднем плане показана статуя Франциска Ассизского (1182-1226), католического святого и первого, у кого на теле проявились стигматы.
Фрэнки пишет на стене якобы на арамейском языке, хотя в действительности это древнееврейский. Режиссёру Руперт Уэйнрайт он показался более загадочным.
В сцене распятия и появления первых стигмат на теле Фрэнки использовались резиновые муляжи рук с привязанными к пальцам веревочками, что создавало эффект, будто они шевелятся.