Два года спустя после распада тайной команды Mystery Inc. из‑за внутренних разногласий и разборок, Скуби‑Ду вместе с Фредом, Дафной, Шэгги и Велмой получают приглашения на загадочный Зловещий остров — поодиночке их зовут на место, чтобы возглавить расследование волны паранормальных явлений в Спринг‑Брейке. Владелец острова, Эмиль Мондавариус, боится, что его популярный курорт на деле кишит призраками, и потому он пытается снова собрать легендарных сыщиков, чтобы те нашли разгадку прежде, чем сверхъестественная мистерия отпугнет отдыхающих студентов. Команде придётся преодолеть старые разногласия и взглянуть на кажущихся вампиров и «нереальных» привидений под новым углом. И всё это ради того, чтобы распутать запутанное дело, спасти себя и, возможно, спасти весь мир от надвигающейся угрозы.
Мэттью Лиллард долго и громко кричал, чтобы голос охрип до состояния, когда можно будет озвучивать Норвилла Шэгги Роджерса. Когда это не помогло, он просто заговорил голосом, уставшим от долгого крика.
Скраппи говорит голосом Скотта Иннеса, который озвучивал Скуби-Ду и Шэгги во многих экранизациях, начиная с анимационных комедий Джима Стенструма « Скуби-Ду на острове Мертвецов » (1998) и « Скуби-Ду и призрак ведьмы » (1999).
Режиссёру Радже Госнеллу хотелось, чтобы Дафну и Фреда играла семейная пара. Он сразу же остановился на Саре Мишель Геллар и Фредди Принце мл. Последний начал отнекиваться, но Госнелл его уговорил.
Поначалу предполагалось сделать фильм более мрачным – под рейтинг PG-13 (просмотр фильма не желателен детям до 13 лет). Норвилла «Шэгги» Роджерса предполагалось сделать наркоманом, у Велмы и Дафны были бы взаимоотношения на стороне, и в фильме присутствовали бы множественные отсылки к употреблению марихуаны.
Саре Мишель Геллар пришлось совмещать работу в проекте «Скуби-Ду» со съёмками в сериале « Баффи — истребительница вампиров » (1997-2003). Продюсеры обоих проектов договорились, что две недели актриса будет проводить в Лос-Анджелесе на съёмках сериала, а потом две недели в Австралии на съёмках «Скуби-Ду».