Действие фильма «Синоби» разворачивается в 1614 году, когда Япония укрепляет власть первого сёгуна Токугава и пытается держать страну в порядке после долгих раздоров. Два враждующих клана — Кога и Ига — сохраняют в тайне искусство ниндзя и держат в руках судьбы близлежащих деревень, постоянно подталкивая их к конфликтам. В их рядах возникают Генносуке из Кога и Оборо из Ига — две души, чьи судьбы изначально шли параллельно, но однажды переплелись в запретной любви. Их чувства становятся последней надеждой на мир для усталых от вражды ниндзя: если любовь сможет победить непримиримость сынов ветвей, страдающие деревни найдут долгожданное спокойствие. Но за их спиной разворачивается коварный заговор правителей, стремящихся вновь разжечь конфликт ради собственной выгоды и власти. Генносуке принимает на себя роль защитника мира, готового рисковать жизнью ради примирения и защиты беззащитных общин. Оборо же считает, что путь к разрешению противостояния лежит через жесткое решение и борьбу, и выбирает идти по этому пути, чтобы положить конец бесконечной вражде. В их дуэлях и в их любви переплетаются честь, долг и мечта о мире, который способен изменить судьбы целых деревень и историю страны.