Исчезновение сотрудницы ФБР становится поводом для возвращения к делу, над которым когда‑то трудились Фокс Малдер и Дана Скалли. Поразительно, что последними надеждами следствия становятся именно они — люди, покинувшие службу по разным причинам, но сохранившие веру в необычное и стремление докопаться до истины. Единственный источник информации — пожилой Джозеф Криссман, бывший священник, осуждённый за преступления против несовершеннолетних. Он утверждает, что образы совершённых деяний не возникают случайно, а приходят к нему как нечто предначертанное, словно по воле высших сил. Эти откровения направляют расследование в странное русло, переплетая веру с памятью и психологией, заставляя героев сомневаться в том, что они видят и чем руководствуются. По мере продвижения следствия перед Малдером и Скалли встаёт ряд вопросов: насколько достоверны его призраки прошлого, и возможно ли найти пропавшую без помощи того, что кажется сверхъестественным. Фильм сочетает трепетную драму с мрачной загадкой, требуя от героев смелости взглянуть в лицо давно забытым ранам и неизбежной правде.
Долгое время работа над фильмом велась под рабочим названием «Секретные материалы: Первый готов».
В записной книжке в телефоне Малдера записаны следующие контакты: Gilligan — это фамилия одного из создателей сериала, Bowman — это один из режисёров, Shiban — один из сценаристов.
В одной из сцен в фильме, когда агент Скалли идёт по коридору больницы можно увидеть создателя/режиссёра/автора сценария и продюсера Криса Картера.
Женщина агент которая привлекла внимание Малдера пройдя в двух шагах от него в офисе ФБР — это Ванесса Морли. В сериале она исполняла роль восьмилетней Саманты Малдер и это ее фотография висит на двери в доме Малдера в начале фильма.
Из-за засекреченности сюжета фильма его режиссёром был некий Рич Трейсерс (Rich Tracers) — это анаграмма от «Chris Carter». А героев Дэвида Духовны и Джиллиан Андерсон в сценарии звали Ларри и Френки, в честь любимых собак Криса Картера.