Задание: проникнуть на борт захваченного террористами Boeing 747, который держится в небе на высоте примерно восьми километров. Операция должна осуществляться максимально скрытно, без превлечения внимания экипажа и пассажиров, и без опоры на радиосвязь с землей. Ключевая задача — найти и обезвредить установленную на судне взрывчатку, способную уничтожить многочисленные населённые районы восточного побережья. Времени осталось мало: каждый промах или задержка может обернуться катастрофой. Команда сталкивается с сильным давлением, суровыми условиями полёта и непредсказуемостью действий похитителей. Однако успех миссии означал бы не только спасение тысяч жизней, но и предотвращение возможности полноценной военной реакции — когда военные после нервной вспышки отдают приказ сбить авиалайнер ракетной атакой. И потому каждый шаг, каждая проверка и решение должны быть точными, слаженными и скрытными до последнего момента.
В фильме снялся настоящий авиалайнер Boeing 747-200 (серийный номер MSN 21541) авиакомпании American Int Airways (бортовой номер N707CK), раскрашенный в цвета Oceanic. Интересно, что в реальности в 1988 году именно этот самолёт, тогда принадлежавший авиакомпании Kuwait Airways (бортовой номер 9K-ADA), оказался захвачен террористами.
Фильм создавался при непосредственной поддержке Пентагона. В картине снялось реальное звено истребителей F-14 из эскадрильи VF-84 под названием «Весёлые Роджеры» (Jolly Roger). Фактически это была одна из последних операций эскадрильи, после которой она была расформирована.
Первоначально Холли Берри отказалась от роли в этом фильме, но когда ей предложили миллион долларов за работу, она согласилась. Это был её первый миллион в качестве платы за фильм.
По словам Джона Легуизамо, Стивен Сигал напал на него во время съёмок, пытаясь напугать актёров и съёмочную группу. Джон утверждал, что смеялся над сказанным Сигалом, думая, что это шутка, но Сигал доказал обратное, впечатав его в стену.
Студия Paramount, первоначально разрабатывавшая проект, продала его Warner Bros. в обмен на права и сценарий к « Форресту Гампу » (1994). «Приказано уничтожить» считался потенциально успешным проектом, в отличие от «Форреста Гампа», испытывавшего проблемы со сценарием и кастингом. Кроме того, некоторые руководители Warner опасались, что после « Человека дождя » похожий проект — главные герои обоих фильмов имеют психическое расстройство — не будет успешен.