Старшеклассница Норико живёт в Тоёкаве вместе с родителями и младшей сестрой Юкой. В семье, когда-то тёплой и дружной, сейчас царят холод и непонимание, и девочке уже не к кому обратиться за поддержкой. Её единственной отдушиной становятся виртуальные беседы с подругами на сайте Haikyo.com, где она уверенно находит общение и ощущение близости. Но реальный мир кажется ей тесным и неприветливым, поэтому Норико решает кардинально изменить жизнь: она берёт чемодан и, не говоря никому ни слова, отправляется в Токио, чтобы встретиться с человеком, который стал её духовной родной душой — девушкой под ником Ueno Station 54. Спустя полгода трагедия объединяет 54 школьницы, которые по очереди уходят из жизни, и Юка начинает подозревать, что исчезновение сестры может быть связано с этой мрачной цепочкой событий. Она проводит собственное расследование и тоже едет в столицу, чтобы выяснить правду и найти Норико.