Сцены с мышеловками снимали без каких-либо компьютерных технологий. Под полом было установлено свыше 800 мышеловок. Сняли сцены с нескольких дублей, и после каждого из них все мышеловки необходимо было достать, положить туда новую приманку и снова взвести.

Уильям Хикки (он играл Рудольфа) плохо себя чувствовал во время съёмок и ближе к концу съёмочного периода скончался. Произошло это уже после того, как все сцены с его персонажем отсняли, так что брать на эту же роль другого актёра не потребовалось, как не потребовалось и вносить в сценарий изменения.

Крупным планом снимали аниматронных грызунов, а в некоторых сценах использовалась компьютерная графика, но по большей части в фильме всё же снимали настоящих полевых мышей (их было 60 штук), которых дрессировал Бун Нарр. Грызуны были надрессированы на все трюки, начиная с бега и вскарабкивания наверх и заканчивая укладыванием спать в консервной банке и укрыванием одеяльцем из туалетной бумаги.

По завершении съёмочного периода Пол Мехиас забрал домой дрессированную мышь, которая снималась в фильме. Грызун прожил у Мехиаса ещё два года, после чего умер. Мехиас и остальные члены творческого коллектива фильма похоронили его на газоне перед зданием студии.

Крупные планы мышей, демонстрирующих человеческие эмоции и жесты, стали результатом трудов компании Stan Winston Studio, сотрудники которой сделали перерыв в работе над динозаврами и киборгами, чтобы сосредоточиться на работе над аниматронной мышью. Эта задача казалась несложной, но таковой не являлась. По словам самого Стэна Уинстона, когда работа шла над динозаврами, у его сотрудников были развязаны руки, потому что динозавров никто никогда не видел, так что его сотрудники могли позволять себе определённые вольности с внешностью рептилий. С мышами же ситуация была совершенно другой, так что степень реализма, которой необходимо было достичь, была в разы выше.

На специальной съёмочной площадке на территории Raleigh Studios аниматронной мышью управляли шестеро сотрудников Stan Winston Studio.