Еще на этапе съемок фильм неоднократно пытались запретить. Ассоциации родителей учеников независимых школ (APEL) собрали десятки тысяч подписей под петицией против фильма. В 1966 году министр культуры Франции запретил показ Монахини. Однако это не помешало фильму пройти отборочную комиссию Каннского кинофестиваля. Возникла парадоксальная ситуация: в 1966 году Франция была представлена на фестивале фильмом, в самой Франции запрещенным. Через год запрет сняли.