По словам режиссёра и сценариста Ланы Вачовски, её решение вернуться к Нео и Тринити в сиквеле было обусловлено смертью обоих родителей (с разницей всего в пять недель) и близкого друга. Кроме того, она сама считала Нео и Тринити крайне важными людьми в её собственной жизни. Что же касается её сестры Лили Вачовски, она придерживалась противоположной точки зрения, и недавние потери убедили её не принимать участия в проекте.

Съёмки в Сан-Франциско вызвали недовольство и возмущение среди местных жителей из-за повреждения зданий и системы уличного освещения. Как и в результате съёмок боевиков 2021 года « Шан-Чи и легенда десяти колец » ( Дестин Дэниел Креттон ) и « Веном 2 » ( Энди Серкис ), авторы фильма были вынуждены уплатить 420 000 полицейскому управлению Сан-Франциско за разрешение на съёмки.

Лана Вачовски сама снимала боевые сцены, так что второй съёмочной группы не понадобилось – в отличие от съёмок первых двух сиквелов франшизы в 2003 году.

В первый же день съёмок в Берлине Приянка Чопра Джонас была вынуждена произнести все свои реплики в присутствии всего актёрского состава фильма на фоне роскошного заката, на чём настояла режиссёр Лана Вачовски. По словам актрисы, съёмки длились 45 минут и совершенно её вымотали.

Первый фильм франшизы, который собирались снимать в Чикаго в штате Иллинойс, родном городе сестёр Вачовски и городе, послужившем прообразом города, в котором разворачивается действие первых трёх фильмов франшизы. От идеи снимать в Чикаго пришлось отказаться из-за непомерного роста бюджета фильма в предсъёмочный период.