Детство и юность Изабель провела в Женеве, где получила хорошее домашнее образование. Девушка свободно говорила на шести языках. Читая с отцом (бывшим православным священником, принявшим ислам) Коран, Изабель выучила еще и арабский. Изабель Эберхард часто бегала по улице, переодетая в мальчишку приходилось донашивать одежду после старших братьев. Роль мальчика, а затем мужчины, стала для нее обыденной и привлекательной, т. к. она дарила чувство свободы. Ведь в конце XIX века социальные возможности женщин были сильно ограничены. Маскируясь под юношу, Изабель работала палубным матросом в Марселе, пока не заработала денег на паром до Алжира. В Африке она так же носила местную мужскую одежду, приняла ислам и вступила в суфийскую секту.

За её выступления против французских властей её изгоняли из Алжира и даже покушались на её жизнь. Тогда, чтобы вернуться в страну, Изабель вышла замуж за алжирского сержанта Слимана Эхни. Теперь 24-летней девушке, свободно говорящей на арабском и находившейся замужем за выходцем из Магриба, открывались любые двери местного мусульманского общества.

В возрасте 27 лет у Изабель Эберхард уже не было зубов, она потеряла почти все волосы, сильно страдала от малярии и сифилиса.

В 1904 году Изабель погибла в пустыне во время внезапного наводнения возле поселения Айн Сефра. Ее муж выжил, а Изабель осталась погребена под завалом дома, воды и грязи. Ее похоронили по исламскому обряду.

В Алжире до сих пор есть улица ее имени (Rue Isabelle Eberhardt).