Первоначально этот фильм был запланирован к выходу 29 июня 2012 года. В феврале студия Paramount начала большую кампанию с дорогостоящей рекламой во время Супербоула. Но в мае 2012 года было объявлено, что дата выхода фильма переносится на 29 марта 2013 года с целью добавления 3D-эффектов. Позже выяснилось, что реальная причина задержки была в том, чтобы переснять сцены с Ченнингом Татумом. Тестовая аудитория желала больше сцен с Татумом и Дуэйном Джонсоном, к тому же после успеха фильмов « Клятва » (2012) и « Мачо и ботан » (2012) Татум неожиданно стал звездой, обеспечивающей кассовые сборы.

22 ноября произошел несчастный случай, который унес жизнь сотрудника съемочной группы. Майк Хабер работал на подъемнике, который опрокинулся, что и стало причиной гибели мужчины.

Первоначальным названием фильма было G.I. Joe: Cobra Strikes («G. I. Joe: Удар кобры»).

У командира группировки «Кобра» изменился вид шлема с последнего фильма. Теперь он стал больше похож на командира из оригинального сериала « Джо-солдат » (1985—1986).

Персонаж Дуэйна Джонсона первоначально должен был появиться в первом фильме.