В эпоху шепчущей холодной войны и в условиях секретности, где каждый шаг может стать подозрением, безмолвная уборщица по имени Элайза трудится в исследовательском комплексе, где повседневная рутина прерывается только звоном стекла и скрипом дверей. За занавешенными стенами скрытой лаборатории ведутся работы над странным существом, которое люди называют амфибийным и которое было поймано в ходе экспериментов, связанных с водной средой. Учёные применяют жесткие и часто бесчеловечные методы, чтобы подчинить его волю и понять природу его необычных способностей, считая его лишь объектом исследования. Но Элайза не остаётся сторонним наблюдателем: её тишина и сочувствие перерастают в глубокое сопереживание к пленному существу. Между ними зарождается необычная связь — без слов она становится мостом между двумя мирами: человеческим и чуждым. Постепенно Элайза осознаёт, что может полюбить то, что кажется недоступным, и решает рискнуть всем ради спасения и освобождения своего питомца. Их союз приводит к решающему шагу: помочь ему уйти из-под опеки и исчезнуть в глубине воды, где он сможет дышать свободой и жить на своих условиях.
Элайза показывает существу пластинки The Great Benny Goodman и Glenn Miller Plays Selections from The Glenn Miller Story and Other Hits. Обе были выпущены в 1956 году.
На создание облика существа ушло свыше 9 месяцев. Гильермо дель Торо утверждает, что «Форма воды» — самый сложный фильм, за который он когда-либо брался.
Гильермо дель Торо начал работу над фильмом в 2011 году. Многие работы (в частности, создание на экране лаборатории и существа) он оплачивал из собственного кармана.
Вначале Гильермо дель Торо хотел снять чёрно-белый фильм, но передумал, когда студия предложила увеличить бюджет, если фильм будет снят в цвете.