В каньоне Глен, в нынешние дни, разворачивается история, наполненная неожиданностями. Уэйн, который готовится сдать экзамен на пожарного, вынужден ночевать в суровой пустыне и становится свидетелем падения метеора, осыпавшего небо ярким световым следом. На следующий день к месту катастрофы подходят биолог доктор Айра Кейн и геолог Гарри Блок. Они едва ли не тайком пробираются в пещеру вблизи кратера, чтобы взять образец необычной голубой жидкости, вытекшей из метеорита. Позже, под увеличительным стеклом, Айра Кейн замечает, как в растворе разворачиваются миллионы одноклеточных существ, которые начинают стремительно развиваться и эволюционировать прямо перед его глазами. Это открытие могло бы принести мировую славу и Нобелевскую премию, но вскоре оборачивается угрозой для всего человечества. Эволюция набирает обороты: на Землю начинают возвращаться динозавры, появляются ранее невиданные формы жизни, и мир вынужден сталкиваться с последствиями стремительной и непредсказуемой трансформации биологической реальности.
По оригинальному замыслу фильм должен был стать серьёзным научно-фантастическим триллером, и сценаристы Дэвид Даймонд и Дэвид Вайсман были приглашены, чтобы переделать проект в комедию. Автор первоначального сценария Дон Джекоби на удивление остался в таком восторге от проделанных изменений, что продолжил работать над фильмом вместе с новыми сценаристами.
Поскольку съёмки проходили в декабре, киностудия DreamWorks обратилась с официальной просьбой к местным властям и жителям отложить до самого последнего момента развешивание рождественских украшений и иллюминации. Позднее киностудия оплатила работникам городских служб сверхурочные, чтобы в сжатые сроки выполнить все работы и придать городу праздничный вид.
Лёгкая неуклюжесть героини Джулианны Мур была идеей самой актрисы.
Рекламный ролик шампуня «Head and Shoulders» в фильме с участием трёх главных героев был идеей сына режиссёра Айвена Райтмана.
Ради роли в «Эволюции» Дэвид Духовны отказался от предложенной ему роли второго плана в намного более престижной картине Джорджа Лукаса « Звёздные Войны: Эпизод 2 — Атака клонов » (2002).