Во время одной из распродаж Эйприл удачно нашла для Сплинтера древний японский скипетр и целую подмогу для друзей-черепашек. Но этот предмет оказался не обычной вещью: он выступает прототипом машины времени. Механизм работает только в том случае, если массы участников путешествия во времени совпадают с обеих сторон, иначе эффект не сработает. Так и случается: Эйприл отправляется в эпоху феодальной Японии, на 1603 год. За ней следуют и черепашки, однако вместо того, чтобы попасть в храм, куда, как предполагалось, должен был поместиться артефакт, герои оказываются посреди поля сражения. В вихре боя Микеланджело теряет скипетр, и теперь задача становится двойной: не только выручить подругу, но и вернуть драгоценный предмет. Время на Земле тем временем идёт своим чередом, и там не менее непредсказуемы события: герои неожиданно сталкиваются с новыми угрозами и испытаниями, пытаясь разобраться в сложной головоломке машины времени. В итоге переставленные эпохи переплетаются, а дорога домой оказывается полна приключений и неожиданных поворотов.