Во втором фильме Черепашки-ниндзя снова попадают в эпическую схватку с преступниками клана Футов и их коварным лидером Шредером. На фоне этой противостояния разворачивается тайна изумрудного зелья, которое может стать ключом к контролю над силами мутаций. Черепашкам приходится полагаться на помощь верных друзей: репортёршу Эйприл О’Нил, умного профессора Джордана Пери и неугомонного курьера по имени Кено. Вместе они пытаются остановить расширение разрушительного мутирующего вещества, которое несёт угрозу всему Нью-Йорку. Тем временем на улицах города скрываются злобные мутанты Токка и Разар, созданные темной магией и экспериментами, что заставляет героев действовать ещё решительнее. В напряжённом противостоянии команда черепашек в ниндзя-боевых техниках демонстрирует ловкость и сплочённость, параллельно предотвращая катастрофу, спасая людей и возвращая надежду горожанам, словно восстанавливая равновесие между миром людей и опасными силами, скрытыми под землёй.