В подземельях канализаций Нью-Йорка четверо черепашок и их крыса-компаньон сталкиваются с радиационными отходами, которые изменяют их тела: они вырастают до почти человеческого роста, обретают разум и способность осваивать боевые искусства. Их наставником становится крыса, ранее жившая у японского мастера ниндзя, и именно он передаёт им основы ниндзя-практик, дисциплины и ловкости. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло быстро находят друг друга и формируют сплочённую команду, каждая черта характера отражается в их действиях: решительный лидер, вспыльчивый бунтарь, шутник с лёгким сердцем и умный технарь. Они осваивают техники боя, учатся двигаться незаметно и жить среди людей, скрывая свою необычную природу от посторонних. В их жизни появляется молодая тележурналистка, которая становится их союзником и помогает увидеть, как можно применить их силы во благо городу. Вместе четверка героев прокладывает путь через улицы мегаполиса, чтобы положить конец росту подростковой преступности и вернуть Нью-Йорку чувство безопасности.