Неудачливый мастер кукольного искусства по имени Шварц устраивается работать в одну странную и невероятно тесную контору. В стенах её маленького кабинета новоиспечённый сотрудник по имени Крэйг натыкается на скрытую крошечную дверцу. Удивление не знает границ, когда за этой дверцей оказывается туннель, ведущий прямо в мозг знаменитого актёра Голливуда Джона Малковича. Дальше этот необычный ход становится источником невообразимой идеи: Крэйг, оказавшись в роли посредника между своей мечтой и разумом звезды, придумывает рискованный, но заманчивый план. Он организует прибыльный бизнес, предлагающий экскурсий по внутреннему миру Малковича каждому желающему. Люди приходят, чтобы увидеть, что скрыто за обменом публичной маски и какие ощущения испытывает человек, чья мысль и память оказались под навигацией чужого сознания. Постепенно границы между желанием владеть чужой сущностью и этикой манипуляции начинают стираться. Так рождается странное предприятие, ставящее под сомнение настоящую ценность свободы, самости и контроля.
В фильме полное имя Малковича — Джон Горацио Малкович. В реальности же его зовут Джон Гевин Малкович.
Сценарий Чарли Кауфмана с 1994 года не мог найти продюсера, готового профинансировать столь рискованный проект. Кауфману предлагали переделать сценарий в нечто более коммерческое вроде «Быть Томом Крузом», исходя из недостаточной популярности Малковича. Однако сценариста привлекала именно фигура Малковича как одного из самых загадочных актёров Америки, более того, Кауфман даже не побоялся обыграть сам факт непопулярности Малковича.
По вопросу участия в проекте к Джону Малковичу обращались несколько раз, но актёр каждый раз отвечал отказом. Малкович утверждал, что лучше станет продюсером фильма и будет всячески помогать режиссёру Спайку Джонсу. Пару лет спустя он всё-таки согласился сыграть у Джонса.
По словам Джона Малковича, он рассматривал свой персонаж «Джона Малковича» так же, как рассматривал бы любого вымышленного героя, а единственным аутентичным элементом созданного им на экране образа был гардероб актёра.
Джон Кьюсак попросил своего агента найти ему «самый безбашенный» сценарий, найденный сценарий прочёл и велел агенту записать его на кастинг, после чего его и взяли на роль Крэйга Шварца.