В фильме База 1999 офицер разведки Джон Мерфи получает задачу, от исхода которой зависит ход всей операции: выяснить, почему передача мексиканского наркобарона американцам завершилась кровавой бойней. Ему направляют на пограничную военную базу, чтобы внедриться в состав спецназа, который подозревают в торговле оружием и наркотиками. Пройдя суровые испытания на выносливость и физическую крепость, он настойчиво завоевывает доверие руководства и оказывается вблизи самых закрытых решений. Однако по мере продвижения по делу Мерфи понимает, что за сценой творится гораздо больше: сеть лжи, скрытых интересов и предательств, в которой каждый шаг может усугубить ситуацию. В одиночку, окружённый двойными играми и враждебной обстановкой, герой раскрывает ниточки преступной сети, связывающей наёмников, офицеров и наркоторговцев, и начинает приводить факты к разоблачению. Ему предстоит довести расследование до конца и показать неприкрытую правду, чтобы не допустить повторения подобной операции и не поставить под угрозу безопасность страны.