Давным-давно, когда пирамиды были ещё молоды, правители Египта забавлялись тем, что устраивали между собой магические поединки, которые получили название «Игры теней». Это привело к освобождению огромной темной энергии, способной уничтожить весь мир. Тогда могущественный фараон заточил эту силу внутри таинственных Тысячелетних артефактов. Прошло 5000 лет. Весь мир увлечен игрой под названием «Duel Monsters» (аналог Игр теней). Это карточная игра с использованием компьютерных технологий. Школьник Юги Муто является лучшим игроком, но мало кто знает его тайну. Он сумел разгадать секрет древнеегипетского артефакта — «Тысячелетней головоломки» и выпустил силу, заточенную в ней.