Спустя год после того, как Ринтаро Окабэ сумел зафиксировать временную линию, в которой ни один его друг не погибает, казалось, что всё идёт нормально. Но бесчисленные манипуляции со временем, предпринятые ранее, привели к целому спектру побочных эффектов. Со временем эти непредвиденные последствия накапливались и в конечном итоге привели к исчезновению самого Ринтаро из мира, который он знал. Единственным напоминанием о нём остаётся память у его возлюбленной Макисэ. Она — выдающаяся учёная-физик и берётся за поиск путей возвращения любимого. Ей придётся исследовать сложные улики, повторять эксперименты, перенастраивать механизмы и перебирая варианты, пока не найдётся решение, позволяющее не только снова увидеться, но и устранить тревожные сбои времени. По мере продвижения истории Макисэ сталкивается с опасностями и моральными дилеммами, но её решимость не ослабевает, ведь возлюбленный зависит от её способности повернуть время вспять.