Будущее. После инцидента, связанного с феноменом дематериализации, из-за которого реальный мир становится цифровым, Нэтто Хикари и Рокмен вынуждены были свернуть все разработки в киберпространстве и уйти в подполье. Теперь им необходимо уничтожить программу, пока не стало слишком поздно.