Необычайно любопытная рыбка по имени Поньо уходит из своего подводного дома, чтобы увидеть мир людей своими глазами. Она дочь волшебника, живущего в глубинах океана, и прекрасной морской богини, поэтому её мир полон чар и тайн. В попытке заглянуть в иной быт она случайно попадает на поверхность и оказывается в стеклянной ёмкости, вместе с водой попадает на берег. Там её замечает пятилетний мальчик Сосукэ и бережно приносит домой. Между двумя малышами мгновенно возникает крепкая дружба: юная рыбка становится частью его мира, а мальчик придумывает способы помочь ей жить на суше. Однако у Поньо есть одно заветное стремление, которое держит её дух в напряжении — стать человеком, почувствовать тепло рук и свободу передвижения, как у людей. История рассказывает о встрече разных миров, о смелости, верности и надежде, что чудеса реальны там, где сердце находит дорогу друг к другу.