Прошло два года с тех пор, как отряд отважных бойцов под предводительством Клауда Страйфа сумел остановить могущественного Сефирота и спасти планету от разрушения. Мир наконец обрёл временный покой, а сам Клауд отошёл от дел и поселился в сиротском приюте, пытаясь забыть боль прошлых битв среди детей. Но покой оказался шатким: население планеты начинает тревожить загадочная болезнь, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Кададж, чья фигура то и дело мелькает в тени. Его намерения кажутся зловещими, и многие подозревают, что он связан с теми, кого тяготят тьма и чья сила неуступчива. По мере того как планы Кададж становятся яснее, выясняется, что они уходят корнями в прошлое и тесно переплетены с судьбами беззащитных сирот. Распространение болезни, скрытые манёвры и тревога за будущее детей превращают мир в арену новых испытаний, где отвага и память о прошлом станут ключом к выживанию и принятию нового выбора.