В одной спокойной деревне однажды вспыхнула темная сила, обрушившаяся на мир. В тот момент судьба мальчика Наруто оказалась тесно переплетена с этим злом: чтобы защитить жителей, старейшина поселка принял трудное решение и запечатал чудовище внутри ребёнка, но ценой своей жизни запятал за это. Так Наруто стал носителем загадки и силы, скрытой в нем. Годы прошли, и он вырос неусидчивым и ещё неопытным ниндзя. Он остаётся жить в той же деревне, где почти никто не принимает его и стараются держаться подальше. Наруто мечтает о признании, о настоящем мастерстве и силе, но сталкивается с обвинениями, предубеждениями и страхами окружающих. Несмотря на это, он продолжает учиться, тренироваться и искать свой путь в мире ниндзя, веря, что сможет превратить своё необычное наследие в возможность для добра и силы, даже если дорога к этому терниста и полна испытаний.
Масаси Кисимото, упомянутый в титрах в качестве сценариста (автор манги, ставшей литературным первоисточником сценария), придумал имя «Наруто», пока ел лашу «рамен», а сюжет манги основал на воспоминаниях о собственном детстве.
Имена некоторых персонажей (Дзирайя, Цунадэ, Орочимару) заимствованы в серии рассказов, датируемых концом периода Эдо 1603-1868) и получивших общее название «Сказание о храбром Дзирайе». Все эти персонажи владеют определёнными магическими способностями.
Все ниндзя носят на голове повязки, а главный герой в 1-й серии был показан с защитными очками, но затем художник решил, что с рисованием очков слишком много возни, и заменил очки повязкой.
Канкуро из Деревни песка назван в честь знаменитого актёра театра кабуки (один из видов традиционного театра в Японии, являет собой синтез пения, музыки, танца и драмы). Кроме того, это имя нередко дают воронам. Канкуро использует в качестве оружия кукол, а куклы использовались в театре бунраку. Одет Канкуро так, как обычно одевались рассказчики театра бунраку. Самую известную его куклу зовут Вороной.