Учёные нашли способ радикально улучшать человеческий организм на генетическом уровне, в результате чего подопытные оказались гораздо сильнее, быстрее и умнее обычных людей. Эти достижения дарят человеку невероятные преимущества, но вместе с ними пришли и новые тревоги. Общество не приняло столь резких различий: тревога, недоверие и зависть к тем, кто отличается, разнесли людей по сторонам линии конфликта и спровоцировали войну между Координаторами — носителями искусственно изменённого генетического кода, и Натуралами — обладателями сил, полученных от природы.
В эпицентре противостояния оказывается подросток Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Сам по себе Кира — Координатор, но он не видит смысла вражды между двумя фракциями и выбирает сторону тех, кого любит. Он сражается не ради власти, а ради мира и спасения людей от бессмысленной войны, надеясь вернуть обществу веру в будущее, где различия не становятся причиной разделения, а становятся источником силы и возможности для сотрудничества.