События разворачиваются в ближайшем будущем, когда Земля оказывается под давлением вторжения инопланетян. Единственный боевой бастион, который способен дать отпор врагу, — крейсер Надэсико, созданный частной корпорацией и не входящий в состав Космических Сил. Экипаж корабля — мастерски организованная команда, которая при всей своей эффективности страдает от внутренних разломов: люди, увлечённые миром аниме, практически постоянно цитируют старый сериал Гекигангер-3. Капитан Юрика — дочь одного из земных адмиралов, и именно она втягивает корабль в вихрь романтики: она влюбляется в повара и пилота Акито. По мере того как напряжение растёт, на палубе завязываются секреты, дружеские связи и страсти, которые сталкиваются с суровой реальностью войны. На фоне атак пришельцев и дипломатических манёвров появляется неутомимая надежда: даже стальные бастионы не способны подавить человеческое стремление защитить дом. В этом противостоянии личное и боевое переплетаются, соединяя в одном из самых необычных эпизодов жанра антивойны юмор, драму и безусловную преданность сериалу.
«Гэкигангер-3» был придуман специально для сериала на основе популярных меха-сериалов 1970-х. Однако популярность его оказалась так велика, что он стал самостоятельным проектом.