В последние годы двадцатого века человечество осознало, что планета больше не принадлежит им так, как прежде. Гигантские чудовища выплыли из-под земли, рушат города и сталкиваются друг с другом в опасных схватках. Самым устрашающим из них оказался Годзилла — неумолимый гигант с радиационным дыханием, чьё присутствие вселяет страх в каждого. Чтобы спасти выживших, люди приняли решение покинуть Землю и устремиться в космос в поисках нового дома. В первые десятилетия космического странствий становится очевидно: найти пригодную для жизни планету почти невозможно. Харуто был всего четырёх лет, когда его семья отправилась на корабль переселенцев; теперь он убеждён, что человечество слишком быстро сдалось и надо было отбивать Землю и бороться с Годзиллой. Его взгляды находит отклик, и возвращение на планету становится неотвратимым. Однако из-за эффекта гиперскачка переселенцы возвращаются на Землю спустя двадцать тысяч лет после своего бегства. Цивилизация не сохранилась, мир держат во власти чудовища, а на вершине пирамиды — Годзилла, единственный настоящий владыка этой планеты.
Сначала предполагалось снять аниме-сериал, однако успех фильма "Годзилла: Возрождение" в японском прокате убедил создателей в целесообразности выпуска трёх полнометражных анимационных фильмов.
В конце фильма появляется второй Годзилла. Это самый большой на момент релиза фильма Годзилла в истории — рост чудовища превышает 300 метров.