Воздушная эскадрилья организации WILLE успешно завершила операцию в Париже: они отразили натиск армии беспилотников, активировали гигантский уплотняющий столб и тем самым вернули городу часть былой жизни, а затем пополнили арсеналы боеприпасами и запчастями для Евангелионов. В это же время Синдзи, который после гибели Каору утратил веру в себя и едва не спровоцировал Четвёртый удар, идёт за Рэей и присоединяется к Асоке; скоро троица оказывается в Третьей деревне — восстановлённом поселении, где люди пытаются снова устроить мирную повседневность. Здесь герои сталкиваются с новыми испытаниями и повседневными заботами жителей: доверие в общине, попытки сохранить мир после тяжёлых ран прошлых битв и память о тех разрушениях, что всё ещё преследуют их. Но именно в этом уголке миролюбивой жизни они начинают осознавать собственную роль: их единство и готовность идти навстречу неопределённому будущему становятся ключом к мечте о долгожданном мире, который каждый из них стремится защищать.