Через тридцать один год после Третьей мировой войны и ядерной бомбардировки столицы Японии возведён новый мегаполис — Нео-Токио. Внешне порядок кажется прочным, государство держится железной рукой, однако реальность близка к профашистскому режиму: любые восстания инакомыслие подавляются жестоко и без разговоров. В исследовательских центрах ведутся парапсихологические эксперименты над людьми в целях создания оружия исключительной силы, способного изменить баланс сил в мире. Военное командование, во главе с полковником Сикисимой, руководителем проекта биологических военных экспериментов, входит в конфронтацию с правительством, требуя более радикальных мер. В стране начинает формироваться религиозный культ сверхчеловека по имени Акира; его прибытие, как уверяют, должно решить все проблемы страны и вернуть ей былое величие. Мир между властью, учёными и верующими держится на грани сдвига, где каждый шаг может перерасти в новые потрясения и разрушения, а легенда об Акире обретает всё более зловещие очертания.