У берегов острова Гуам американская подводная лодка потерпела крушение по невыясненным причинам. Адмирал Татибана убеждён, что виновник катастрофы — Годзилла, король монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию. Чтобы подтвердить или опровергнуть эти утверждения, его дочь Юрико, ведущая популярной телепрограммы, пытается разобраться в том, что скрывается за тремя различными происшествиями, случившимися в трёх регионах страны. В ходе расследования она встречает старика Исаяму, который рассказывает ей о трёх монстрах, контролирующих небо (Кинг Гидора), морские просторы (Мотра) и земную поверхность (Барагон). По его словам, именно им под силу справиться с разгневанным Годзиллой.