Ниннинджеры вновь собираются в додзё, чтобы почтить память Последнего Ниндзя, их дедушки, погибшего 2 года назад, но все портит Гашадокуро — воскресший Ёкай. Такахару собирается его уничтожить, но Фуука и Касуми делают это первыми, заодно открывая свой секрет — теперь они защищают город как команда «Ниннин-девушек». Стоит за этой командой Сакурако, мать Такахару и Фууки, собравшая команду из четырех Ниннин-девушек (Фуука, Касуми, отец Такахару и Фууки и новый член Ниннинджеров — Луна Коконоэ, зеленый ниндзя). Парни, не ожидавшие такого поворота событий, собирают собственную команду Ниннин-парней и распри между Ниннинджерами все больше и больше усиливаются после того, как разлад в их ряды вносят воскресшие Ариаке но Ката и Кибаони Мангецу!