Расщепление урана, происходящее глубоко в земных недрах, запускает непредсказуемую цепную реакцию, которая постепенно охватывает тело Годзиллы. Этот процесс сперва кажется очередной биологической аномалией, но вскоре превращает гигантское существо в нечто вроде ядерной бомбы замедленного действия, чья взрывчатая энергия может вспыхнуть в любой момент и изменить баланс сил на планете. В ту пору в токийской лаборатории учёные трудятся над новым препаратом, цель которого — контролировать рост и силу монстра. Однако неправильное применение этого средства приводит к созданию нового, сверхмощного существа — Разрушителя — бесчинствующего по городу и угрожающего всему живому вокруг. Мировая общественность сходится на мысли, что шансы на спасение исчезают. Единственный шанс выжить — в рамках столкновения гигантов не возникнуть победителя, чтобы разрушения не превзошли пределы разумного и не поглотили будущее человечества.
Кинокомпания «Toho» рекламировала этот фильм как грандиозный финал всей франшизы, однако ответственному за спецэффекты Койти Каваките на производство спецэффектов выделили даже меньше финансов и времени, чем выделялось в работе над предыдущими фильмами о Годзилле. На создание миниатюрных макетов было всего 6 недель, непосредственно на съёмки – 73 дня, а период постпроизводства ужался до 3 недель. По словам Кавакиты, это был самый короткий съёмочный период в истории кинокомпании «Toho» со времени фильма режиссёров Кадзуки Омори, Кодзи Хасимото и Кендзиро Омори « Годзилла против Биолланте » (1989).
Со смертью взрослого Годзиллы заканчивается эпоха Хэйсэй (1984-1995). Изначально студия хотела отправить монстра в отпуск, но из-за разгромной критики американской версии (1998), Toho решила вновь запустить сериал. Новая эпоха Миллениум / Синсэй (1999-2004) игнорировала все предыдущие фильмы, кроме самого первого.