При работе над обликом Гидоры режиссёру и сценаристу Майклу Догерти хотелось создать что-то «уникальное», но что всё-таки напоминало бы Гидору. Именно поэтому он постоянно консультировался со специалистами киностудии «Toho», чтобы новый облик монстра оставался узнаваемым. Кроме того он изучал изображения различных рептилий, в особенности королевской кобры, чтобы добавить Гидоре реалистичности.
Найденный в начале фильма труп Годзиллы планировали обнаружить в Сибири, а не на Филиппинах, но эту задумку поменяли из-за аналогичной сцены в фантастического боевике Зака Снайдера « Человек из стали » (2013), где герой Генри Кавилла находит вмёрзший в лёд звездолёт с Криптона. Авторы этого фильма сцену переработали, и в Антарктике находят замороженного Кинг Гидору.
Крик Мотры в фильме – это обработанная версия криков этого же чудовища в оригинальных фильмах студии «Toho».
Возле подводного храма Годзиллы можно заметить скелет. Это скелет Ангируса, который в некоторых фильмах выступал на стороне Годзиллы.
Работая над обликом Мотры, Майкл Догерти хотел создать что-нибудь, по его же собственным словам, «прекрасное, женственное и элегантное, но в тоже время и потенциально опасное, что смотрелось бы как богиня». Догерти старался придерживаться цветовой палитры образа Мотры из фильма 1961 года (« Мотра », Исиро Хонда ) и оставить похожие на глаза пятна на крыльях. Последним специально придали такую форму, что они напоминают глаза Годзиллы, таким образом подчёркивается связь между монстрами. Мотра напоминает настоящего мотылька, а ноги у неё такой длины, чтобы защищаться от других монстров.
Майкл Догерти придумал добавить в сюжет Бегемота (в библейской мифологии это демон плотских желаний, в особенности чревоугодия) и сделал его спутником Конга, т.к. посчитал, что слишком много монстров студии «Toho» являются рептилиями и насекомыми. За основу он взял мамонта – из-за собственного увлечения мамонтами и потому, что ему требовалось огромное волосатое создание, внешний вид которого показывал бы, что оно могло бы выжить в ледниковый период. Изначально Бегемот был гигантским мамонтом о шести бивнях.