Шон Дэвидсон — молодой боец, выросший без родителей под крылом японского наставника, который привил ему принципы ниндзя и строгую дисциплину карате. Он приезжает на международный турнир по карате, чтобы проверить себя на большой арене и понять, на что способен его характер и умение держать удар. Однако соревнование скрывает опасную интригу: в одном из залов организована секретная лаборатория, где разрабатывают и испытывают смертельно опасный вирус. Замысел преступников таков — использовать победу на турнире как повод для испытания оружия на избранном субъекте и тем самым запугать мир. Но американский ниндзя и двое его верных друзей не собираются мириться с чужими правилами. Обладая смелостью, ловкостью и упорством, они начинают действовать, разгадывают следы злоумышленников и проникают в подпольное помещение, чтобы сорвать эксперимент и уничтожить источник угрозы. В кульминации герои не только одерживают победу на татами, но и предотвращают глобальную катастрофу, спасая жизни и возвращая мир от надвигающейся опасности.
Майкл Дудикофф категорически отказался от предложения сниматься в этом фильме по целому ряду причин: ему не хотелось больше сниматься в фильмах о боевых искусствах и не хотелось снова лететь в ЮАР, где в 1987 году Сэм Фёрстенберг снимал « Американского ниндзя 2: Схватку ». Дело в том, что сам актёр был убеждённым противником правительства этой страны, проводившего политику апартеида. В четвёртом фильме франшизы « Американский ниндзя » он согласился сниматься только потому, что съёмки предполагалось провести в Лесото.
Роль в сиквелах предлагали Курту МакКинни, но, узнав о том, что съёмки будут проходить в ЮАР, он отказался, т.к. не хотел надолго оставлять молодую жену (он недавно женился). Роль отдали Дэвиду Брэдли.