Это третий фильм режиссёра Майкла Бэя, основанный на реальных событиях. До этого он снял Перл-Харбор (2001) и Кровью и потом: Анаболики (2013).

На бронежилете персонажа Джона Красински видна эмблема в виде стилизованного черепа. Такой же эмблемой щеголяли военнослужащие части, в которой служил Крис Кайл, герой фильма Снайпер (2014).

Премьерный показ фильма был назначен на 23 декабря 2015 года, но был перенесён на более поздний срок, чтобы избежать конкуренции с выходящим фильмом Звёздные войны: Пробуждение силы (2015).

Джон Красински и Дэвид Денман вместе снимались в популярном телесериале Офис. Красински играл Джима Халперта, а Денман — Роя. В эпизоде Банкир (2005) этого сериала снялся Дэвид Костабайл.

Погибший при нападении на представительство США в Бенгази Глен Доэрти дружил с Брэндоном Уэббом, который обучал морских котиков снайперской стрельбе. Знаменитый снайпер Крис Кайл обучался именно у него.

Как рассказывал продюсер Эрвин Стофф, макеты дипломатического представительства и пристройки, где располагались сотрудники ЦРУ, были построены по тем же чертежам, что и здания в Бенгази. В 2016 году Стофф сообщил:...просто мы раздобыли оригинальные планы и спутниковые снимки, и мы общались с непосредственными участниками тех событий. Так что мы воссоздали все здания с точностью до сантиметра.

Майкл Бэй хотел снимать на плёнку, тогда как оператор Дион Биби настаивал на цифровой съёмке. Бэй в конце концов согласился с оператором — из-за наличия в фильме множества эпизодов, где действие происходит ночью, и из-за плотного графика съёмок.

Майкл Бэй впоследствии рассказывал, что на съёмках на Мальте ему пришлось работать с совершенно незнакомой ему съёмочной группой. Режиссёр приписал слаженность работы международного творческого коллектива тому, что терроризм не признаёт границ и национальностей, так что подобная трагедия могла случиться не только с американцами.

В радиоинтервью в программе Марка Левина 18 января 2016 года Марк Гейст, роль которого в фильме исполнил Макс Мартини, заявил, что мины, которыми исламисты обстреливали представительство, имели поражающий радиус 6,5 метра, то есть у людей, оказавшихся в зоне поражения, не было ни единого шанса уцелеть.

В радиоинтервью в программе Марка Левина 18 января 2016 года Марк Гейст рассказал, что однажды во время съёмок он занял место исполнявшего его роль актёра и что режиссёр ничего не замечал, покуда Гейст не посмотрел прямо в камеру.

Компания CinemaScore, которая исследует восприятие зрителями новых фильмов, присвоила фильму 13 часов: Тайные солдаты Бенгази рейтинг А.

Длительность оригинальной версии фильма 4 часа.

Вначале авторы фильма предложили роль Тайрона Рона Вудса Марку Уолбергу, но актёр был вынужден отказаться из-за занятости в других проектах.

Пабло Шрайбер, исполнивший роль Танто, хотел все трюки исполнять. Видимо, поэтому режиссер Майкл Бэй решил над ним подшутить давая указания перед съемкой, он не предупредил, что в это время за спиной Шрайбера произойдет взрыв. Эта сцена с настоящей реакцией актера попала в фильм, а также на официальный постер.