Соник с друзьями сражаются с доктором Эггманом, который смог добраться до могущественной Призмы Парадокса. В пылу битвы ёжик разбивает её, что нарушает пространственный временной континуум. Соник оказывается в альтернативной реальности – в мрачном Нью-Йок-Сити, где Эггман покорил весь мир, а друзья потеряли память. Чтобы спасти привычный мир от уничтожения, синий ёжик отправляется в опасное путешествие.